ตำบลหนองธงก่อตั้งขึ้นเมื่อประมาณปี พ.ศ.2515 โดยแยกมาจากตำบลป่าบอน มีผู้นำคนแรก คือ นายสุบหมีนปาน ซึ่งดำรงตำแหน่งกำนัน ตำบลหนองธง เป็นตำบลหนึ่งที่ตั้งอยู่ในเขตอำเภอป่าบอน ซึ่งมีพื้นที่มากที่สุดมีหมู่บ้านทั้งหมด 9 หมู่บ้าน ประชากรส่วนใหญ่ มีพื้นเพดั้งเดิม อยู่ในพื้นที่ ต่อมาภายหลังมีประชากร อบยพเข้ามาอาศัยและตั้งถิ่นฐานเพิ่มมากขึ้น ซึ่งปัจจุบันมีการพัฒนาตำบลอย่างต่อเนื่อง